השלב הראשוני והחשוב ביותר הוא בדיקה ע"י רופא מומחה.
הרופא מאבחן באופן מדויק אילו שרירים מתכווצים ומהי מידת השפעתם על התפקוד של המטופל.
לאחר מכן, המומחה מזריק את הבוטוליניום באמצעות מחט עדינה שקשורה למכשיר EMG לתוך השריר הספציפי באופן מדויק ביותר, על מנת לא להשפיע על שרירים אחרים.
בטיפול במיגרנות ההזרקות מתבצעות מתחת לעור במצח, בצידי הראש, סביב הראש ועל הצוואר. הטיפול מסייע בהרפיית השרירים ושיתוק אזורים מסוימים של הרקמה המעוררת מיגרנות, ומתבצע אחת לשלושה חודשים בערך.
במהלך הטיפול, נחסמים אותות עצביים משובשים אשר מפעילים התכווצויות שרירים מוגזמות וגורמות למיגרנה.
הבוטוקס, בניגוד לכדורים, פועל באופן ממוקד ומשפיע רק על האיזור המטופל.
תופעות לוואי אשר יכולות להיגרם כוללות – כאב מקומי באיזור ההזרקה, נוקשות וחולשת שרירים. לעיתים נדירות גם תסמיני שפעת או גירוד. ברוב המקרים הן תופעות קלות וחולפות כעבור מספר ימים.